W swojej pracy naukowej Bauer szczególną uwagę poświęca badaniu czynników wpływających na stan zdrowia i kondycję psychiczną nauczycieli, wychowawców i pedagogów. Od 2013 r. kieruje zakrojonym na szeroką skalę 4-letnim projektem badawczym dotyczącym m.in. wpływu uważności (MBSR) na efekty uczenia się i nauczania. Jest założycielem i dyrektorem Instytutu Zdrowia Pracowników Szkolnictwa w Monachium. Kieruje zainicjowanym przez rząd Bawarii Programem Profilaktyki Zdrowotnej Nauczycieli. W 2013 r. prestiżowy niemiecki magazyn polityczny Cicero uznał Bauera za jednego z najbardziej wpływowych intelektualistów obszaru niemieckojęzycznego.